Zaščita je mehanizem, ki nadzira dostope programov in uporabnikov do virov računalniškega sitema. Mehanizem zaščite zagotavlja spoštovanje določenih pravil (angl. policy). Pravila se vzpostavljajo z:
Računalniški sistem se predstavlja kot skupek objektov. Ti se delijo na programske objekte: programi, datoteke, semaforji; in na strojne objekte: CPE, segmenti pomnilnika, tiskalniki, diski. Vsak objekt ima svoje ime s katerim se ga naslavlja in nad njim opravlja natančno znane operacije. Zaščita se izvaja preko domen, ki določajo vire, ki jih določen proces lahko uporablja.
Varnost sistema je mera zaupanja, da bo ohranjena integriteta sistema in njegovi podatki. Medtem, ko je zaščita notranji problem operacijskega sistema, varnost vključuje tudi zunanje okolje. Tako je potrebno računalniške sisteme varovati tudi fizično. V okviru varnosti govorimo o avtenticiranju uporabnikov, preprečevanju vdorov, virusih, trojanskih konjih, črvih, varnostnih luknjah.
Nepogrešljivi del vsakega operacijskega sistema, oziroma sistemske programske opreme, ki se dobavlja z operacijskim sistemom je vedno tudi ukazni tolmač. Ukazni tolmač je vmesnik med uporabnikom in operacijskim sistemom. Ukaze, ki jih posreduje uporabnik, posreduje v obliki sistemskih klicev operacijskemu sistemu.
Ukazni tolmač je lahko del jedra operacijskega sitema ali pa ne. Tudi izvedbe so lahko raznolike. Tisti vajeni dela z Unix-podobnimi operacijski sistemi so vajeni uporabe ukazne lupine - tekstovno orientiranega tolmača, kjer je vse ukaze potrebno natipkati. Uporabniki grafično orientiranih operacijskih sistemov bodo ukaznega tolmača prej prepoznali v programih za delo z datotekami (Raziskovalec, Konqueror ...). Čeprav je delo z grafično izdelanimi ukaznimi tolmači prijetnejše, je dobro znano, da je v ukazni lupini mogoče storiti več in v krajšem času.