V avstrijskih deželah je oblast začela protestante preganjati. Sledili so hudi spopadi med katoličani in protestanti.  Ker smo tudi Slovenci spadali po avstrijsko oblast, je pregon veljal tudi na območju Slovenije. Ustanovljene so bile celo komisije, ki so sežigale protestantske knjige, prizanesli so le Dalmatinovi Bibliji. Tako so reformacijo izrinili iz naših krajev, do danes se je ohranila le v Prekmurju.